La Mezquita Nueva se encuentra en el barrio de Eminönü, al lado del Bazar de las Especias. Durante su construcción surgieron numerosos problemas y es por eso que se tardó sesenta y seis años en terminarla, siendo la mezquita cuya construcción más tiempo llevó en la ciudad de Estambul.
Las obras comenzaron en el año 1597 a petición de la sultana Safiye, madre de Mehmet III y esposa de Selim II. Aunque no era muy habitual que las mujeres tuvieran tal poder en el sultanato, en esa época, sí que gozaron de una importante trascendencia. El encargado del diseño fue el arquitecto Davut Aga, discípulo del maestro Sinan. Tras el fallecimiento de Davut Aga en 1599, su puesto fue ocupado por Ahmed Aga.
La construcción de la mezquita se vio afectada por diversos problemas, como la polémica de construir un templo musulmán en un barrio tradicionalmente judío; el elevado coste del proyecto; o la cercanía del mar, que requería unos conocimientos arquitectónicos muy elevados. Todo ello retrasó, sin duda, la finalización de la obra.
Tras la muerte de Mehmet III, la sultana Safiye perdió su condición, y la construcción quedó abandonada. El nuevo sultán Ahmed I nunca quiso continuarla. En 1660 lo que había de mezquita sufrió un incendio que deterioró todavía más su calamitoso estado. Fue ese mismo año cuando la sultana Turhan Hatice, madre de Mehmet IV, decidió terminar el proyecto a petición del arquitecto imperial Mustaga Aga.
La mezquita supone uno de los último ejemplos de la época clásica otomana. El interior está decorado, una vez más, con azulejos de Iznik, aunque en aquella época la calidad de la producción ya había comenzado a descender. La decoración de su interior no se encuentra entre las más bellas y logradas entre las mezquitas de Estambul.